El equipo iba lider con 29 puntos en el grupo III de 2ªB, el Rico Pérez era inexpugnable, estaba vivo en Copa del Rey pero por poco-se permitió tutear al Racing en casa con siete canteranos y empatar a cero-, sin embargo, la situación económica era caótica ya que se llevaba un par de meses sin cobrar y la publicidad de Costa Blanca estaba en una situación de impasse; institucionalmente, no iba mejor tras una catastrófica temporada 1998/99 cuando, tras la muerte de Francisco Peris, hubo una situación de cataclismo que sólo se pudo evitar a duras penas con la presencia de Luis Esteban. El 1 de diciembre, en los prolegómenos del partido en Santander, se hizo realidad la presencia de un nuevo máximo accionista, Enrique Ortiz, desplazando a Antonio Asensio del accionariado herculano ante el aplauso generalizado de la afición. No era la primera vez que había relación con el deporte por parte del máximo accionista pues ya prestó patrocinio deportivo al equipo femenino de balonmano.
El equipo seguía su evolución deportiva que le permitió jugar en junio una promoción de ascenso a segunda división, la categoría perdida en la temporada pasada pero el resultado no fue propicio. Entre medias, en febrero de 2000, el Hércules presentó una suspensión de pagos ante la deuda de mil trescientos millones de deuda, siendo casi el pionero en este lunar negro. La decisión salió bien a la entidad herculana que sólo hasta septiembre-octubre de aquel año pudo concluir el proceso de forma beneficiosa. Esos tres meses que van entre mayo y julio de 2000 se vio sufrir a todo el conjunto de la entidad: el equipo perdía el tren de la promoción y el máximo accionista abría las puertas hasta en tres ocasiones en el tramo final de la competición; en junio se perdió el ascenso y, deportivamente, la cabeza de Manolo Jiménez que fue destituido tras la derrota en Zaragoza; por último, el 31 de julio de 2000 se asistió a un momento fundamental del club: se resolvió con moratoria el escollo de la AFE que amenazaba con el descenso administrativo- del que, por cierto, cayó el CD Logroñés iniciando un periplo infausto- pero con un problema deportivo considerable: los jugadores no comenzaron a preparar la 2000/01 a principios de agosto con el problema que llevaba consigo. Aquella temporada fue conflictiva(problemas por salidas de futbolistas) y muy dura hasta el punto de jugarse aquel Hércules- Balómpédica Conquense casi jugándose no complicarse más la vida. De aquella mala temporada queda el cese de Miquel Corominas después de vencer al Burriana en casa. Joaquín Carbonell llevó la transición a duras penas hasta Álvaro Pérez. De aquella época, lo poco positivo lo aportó el regreso de Manolo Alfaro y Alejandro Varela, que llegaron en el mercado de invierno para evitar un cataclismo deportivo.
